色谱分析仪设定进样口的温度，柱温，检测器的温度一般遵循一定的规律。各温度的设置不同。
首先柱温设定，首先看待测物组分多少，少的话，恒温即可，温度越低，分离效果越好，但是分析的时间会越长；组分多，程序升温，一般比室温高20-30度开始，保持5min，然后以10度/min，到沸点物质的沸点，再保持10min，当然前提程序升温的温度得是柱子可以忍受的温度。