在使用气相色谱仪分析分离样品时，色谱柱的主要作用就是把样品分离出来。色谱柱的内径大小对分离效果的影响是明显的。越细的色谱柱其塔板数就越高，柱效也就越高，但同时样品承载容量越小，进样体积减少。在分析低含量组分时对检测器灵敏度和进样口分流能力的要求越高。因此在选择色谱柱内径的时候，首先考虑的是样品分析难点，是在于分离还是检测。对于分离困难的样品选用口径小的色谱柱，对于含量过低、检测困难的样品口径大的色谱柱。在容易分离的情况下一般选择小口径毛细管柱可以缩短柱长，减少分离时间。